A trama se passa entre seis à doze meses após o término do quarto título. Chloe Frazer e Nadine Ross vão para a Índia em busca da Presa de Ganesha. Apesar das indiferenças das duas elas terão de trabalhar em conjunto para se infiltrarem e sobreviverem nos Gates Ocidentais que está sob guerra por um líder militar insurgente Asav, um ex-funcionário do governo indiano que se rebela por se achar menosprezado. Ele começa a fazer uma guerra civil dentro do país, destruindo monumentos culturais e desenterrando tesouros de valor histórico-cultura.