Sequência aguardada do clássico de Super Nintendo Chrono Trigger, Chrono Cross deixa de lado as viagens no tempo para trazer viagens entre planos. Serge é um jovem que descobre que, em um mundo paralelo, ele morreu ainda criança e tudo foi diferente de seu mundo original. No caminho ele conhece Kid, uma jovem ladra que irá lhe ajudar a entender o que está acontecendo, além de mais de quarenta personagens jogáveis que podem passar - ou não - pela sua história, dependendo das escolhas que forem feitas ao longo do jogo.