O jogo segue Solid Snake, um soldado que se infiltra em uma instalação de armas nucleares para neutralizar a ameaça terrorista da FOXHOUND, uma unidade de forças especiais renegadas. Snake deve libertar dois reféns, o chefe da DARPA e o presidente de um grande fabricante de armas, confrontar os terroristas e impedi-los de lançar um ataque nuclear.