Ambientado em 1999, alguns anos após os eventos do jogo original, Solid Snake deve se infiltrar em um território fortemente protegido conhecido como Zanzibar Land para resgatar um cientista sequestrado e destruir o "Metal Gear D" revisado.

O jogo evoluiu significativamente o sistema de jogo stealth de seu antecessor, introduziu um enredo complexo que lida com temas como a natureza da guerra e proliferação nuclear, e é considerado um dos melhores jogos de 8 bits já feitos.