Doom é dividido em três episódios: "Knee-Deep in the Dead", "The Shores of Hell" e "Inferno". Um quarto episódio, "Thy Flesh Consumed", foi adicionado em uma versão ampliada do jogo, The Ultimate Doom.

O jogo em si contém muito poucos elementos de enredo, com uma história mínima no manual de instruções e textos curtos entre os episódios.