Wolfenstein 3D é dividido em dois sets de três episódios: "Escape from Castle Wolfenstein", "Operation: Eisenfaust", e "Die, Führer, Die!", caracterizando a primeira trilogia, com a segunda trilogia composta por: "The Nocturnal Missions" (incluindo "A Dark Secret"), "Trail of the Madman", e "Confrontation". O protagonista é William "B.J." Blazkowicz, um espião estadunidense de ascendência polonesa, e o jogo mostra seus esforços em destruir o regime Nazista.